Teknik Pemijahan Hard Clam

Teknik Pemijahan Hard Clam (Mercenaria mercenaria)

Pemijahan hard clam menggunakan metode yang dikenal dengan istilah Thermal Shock atau kejutan suhu. Teknik pemijahan hard clam dilakukan dengan beberapa tahap. Berdasarkan Standar Operasional Prosedur (SOP) teknik pemijahan hard clam dilakukan mulai dari persiapan, sortir dan pembersihan kerang, penyusunan posisi kerang, persiapan media budidaya, pemijahan, hingga pemanenan spat (kerang kecil). Proses tersebut memerlukan waktu yang cukuplama dan tingkat keterampilan yang baik. Lebih jelasnya akan dibahas berdasarkan tahapan-tahapannya pada paragraf di bawah ini.

Tahap pertama seleksi (sortasi) induk dan pembersihan induk yang telah diseleksi. Seleksi induk dilakukan dengan memilih kerang yang sehat, cangkangnya tidak rusak, ukuran diameter cangkang besar dan seragam. Indikasi kerang yang matang gonad diharapkan dari ukuran diameter cangkang yang besar. Kerang yang sudah diseleksi kemudian dibersihkan dengan cara disemprot dengan air laut menggunakan selang. Bagian-bagian yang keras tau adanya tritip dapat dibersihkan menggunakan benda keras, seperti pisau. Setelah kerang disortir dan dibersihkan, kerang dimasukan kedalam wadah pemijahan (tray) dengan disusun memanjang (berbanjar). Posisi kerang disusun menghadap kesatu arah, dengan tujuan memudahkan dalam pengamatan disaat kerang memijah. Perbandingan jantan dan betina kerang yang telah diseleksi belum dapat diketahui, dikarenakan sulit untuk mengetahui jenis kelamin kekerangan tanpa harus membuka cangkang kerang tersebut. Jadi, diharapkan kerang yang diseleksi memiliki perbandingan yang cukup antara jantan dan betina untuk memijah. Jika perbandingan jantan dan betina tidak sesuai yang diharapkan sehingga pemijahan gagal, maka seleksi induk akan diulang kembali.

Tahap kedua, kerang yang telah disusun dibilas dengan cara disemprot menggunakan air bersih. Wadah pemijahan (tray) kemudian diisi air laut hingga kerang terendam air. Kerang yang telah terendam dibiarkan hingga beberapa saat. Selama kerang yang direndam, siapkan air laut dengan suhu 30^oC sebagai media yang akan digunakan selama proses pemijahan. Persiapan media tersebut dilakukan di wadah yang berbeda dengan volume yang besar dan setting suhu 30^oC menggunakan heater. Selain menyiapkan media, kultur pakan alami berupa fitoplankton juga dilakukan di wadah yang berbeda pula. Kultur pakan alami dilakukan sebelum proses seleksi induk, dengan tujuan supaya induk mendapat asupan pakan yang cukup selama proses pemijahan. Kultur pakan alami juga dijukan untuk larva kerang.

Tahap ketiga masukan media dengan suhu 30^oC kedalam wadah pemijahan. Berdasarkan teknik pemijahan hard clam yaitu menggunakan sistem  thermal shock atau kejutan suhu, maka suhu media harus ditingkatkan secara bertahap menggunakan media yang telah disiapkan hingga 20^oC. Air media dimasukan kedalam wadah pemijahan dengan cara dipompakan secara bertahap, supaya perubahan suhu tidak terjadi secara drastis. Setelah air media masuk, tahap selanjutnya adalah proses aklimatisasi. Induk kerang akan menyesuaikan dengan suhu air 20°C. Proses aklimatisasi bersamaan dilakukan dengan memasukan pakan alami kedalam wadah pemijahan. Kerang yang telah beradaptasi dengan lingkungan ditandai dengan keluarnya siphon dan kerang tersebut sudah mulai makan pakan alami yang terdapat pada tray. Siphon merupakan bagian tubuh kerang yang berfungsi untuk memasukan makanan. Disamping proses aklimatisasi disiapkan box plastik yang ukurannya lebih kecil yang digunakan sebagai wadah untuk meletakkan induk kerang yang telah matang gonad. Suhu diperiksa secara berkala sampai suhu tidak melebihi batas yang telah ditentukan.

Tahap keempat adalah pengamatan pemijahan. Kerang diamati secara visual apakah kerang tersebut sudah menjulurkan siphon. Pengamatan dilakukan untuk menentukan apakah induk siap untuk dipijahkan, pada kerang jantan yang sudah siap dipijahkan ditandai dengan keluarnya sperma dari siphon, sperma yang keluar dari dalam siphon berwarna putih sedangkan betina akan mengeluarkan sel telur dari siphon. telur yang dikeluarkan berbentuk butiran seperti pasir dan berwarna putih, terkadang telur keluar secara berantai atau per butir. Masing-masing induk jantan dan betina dipisahkan dalam box plastik sebagai sampel sehingga proses pembuahan dapat dikontrol dengan baik. Telur yang telah dihasilkan dibersihkan dari kotoran yang menempel dan siap untuk ditambahkan sperma dalam proses pembuahan. Kerang jantan dan betina akan mengeluarkan kotoran sebelum atau setelah proses pemijahan.

Tahap kelima proses fertilisasi, sperma dari induk jantan ditambahkan kedalam box plastik yang berisi telur, sperma tersebut ditambahkan dengan menggunakan pipet tetes dan dilakukan secara perlahan. Proses tersebut dinamakan fertilisasi, karena sel sperma akan membuahi sel telur. Sel telur yang sudah dibuahi diamati dalam mikroskop untuk mengetahui hasil derajat pembuahan. Pembuahan ini dilakukan di bak besar secara masal. Bak tersebut didalamnya sudah tersedia pakan alami berupa fitoplankton dalam jumlah yang relatif sedikit. Pakan tersebut digunakan untuk persediaan sebelum kuning telur larva habis. Embrio akan berkembang menjadi larva veliger. Setelah kuning telur habis, maka larva perlu asupan pakan alami yang lebih banyak lagi. Hasil pemijahan masal di wadah pemijahan utama disatukan dengan hasil pemijahan dalam box plastik.

Tahap keenam pergantian air. Pergantian air dilakukan setiap 24 jam atau setiap hari untuk menjamin lingkungan yang baik untuk pertumbuhan. Pakan alami berupa fitoplankton ditambahakan dalam tangki pemeliharaan setiap hari. Tahap ketujuh proses pendederan. Proses pertumbuhan akan meningkatkan bobot serta ukuran tubuh kerang setelah beberapa hari larva akan mengendap kebawah dan menghabiskan sisa hidupnya di dasar. Setelah ukuran cangkang bertambah besar, dilakukan pendederan lanjutan di wadah budidaya yang memiliki volume lebih besar.

Tak akan habis Bioinformatika

Memang tidak akan ada habisnya ketika kita harus membahas jenis ilmu yang satu ini. Rasanya tidak cukup tiga kali postingan saya untuk membahas dan mengupas bioinformatika. Mungkin karena ilmu ini sedang berkembang pesat, khusunya di Perikanan. Sehingga banyak sekali aspek-aspek yang harus dikumpas secara detail disini.

Kali ini saya akan mencoba mengulas bioinformatika dari salah satu jenis kultivan yang mungkin dipandang oleh beberapa orang sebagai kultivan yang tidak komersil atau dinomer duakan. Berbeda dengan ikan dan udang-udangan yang merupakan primadona dikalangan pembudidaya. Kultivan tersebut adalah dari jenis kekerangan tepatnya kerang agamaki (Sinonovacula constricta), kerang ini dapat ditemui disepanjang pantai Cina, Korea, dan Japan. Kerang ini juga merupakan komoditas penting di industri Cina dan memiliki nilai ekonomis di pasar Asia. Kultivan ini mulai dibudidayakan secara alami dari 500 tahun yang lalu di provinsi Fujian dan Zhejiang.

Gambar 1. Kerang agamaki (Sinonovacula consrticta)

Namun dalam beberapa tahun terakhir, budidaya kerang ini mengalami kendala mulai dari juvenile dan kematian pada musim panas yang disebabkan karena degradasi dari plasma nutfah dan polusi akibat budidaya yang terlalu padat. Maka, harus dilakukan penelitian lebih lanjut untuk mengatasi budidaya kerang agamaki ini.

Selain permasalahan yang telah dijabarkan diatas. Ada permasalah lain, bahwa penelitian genom kekerangan tertinggal jauh dibelakang dari taksa yang lainnya.  Untuk saat ini sekuensing genom kerang sebagian besar telah dibatasi pada tiram, terutama C. gigas dan C. virginica. Sehingga sangat sulit untuk memulai penelitian kerang agamaki.

Disinilah bioinformatika akan berperan besar. masalah yang terjadi tersebut memunculkan ide baru untuk meningkatkan daya tahan tubuh atau sistim imun kerang agamaki dengan pengurutan dan analisis bioinformatika dari EST_s. Jadi, untuk meningkatkan sistem imun kerang agamaki dalam metode ini dimulai dari pengambilan dan pengumpulan hati kerang agimaki, kemudian disesuaikan dengan  informasi _cDNA dan skuen DNA yang telah ada kemudian dibandingkan dengan hasil PCR dari isolasi DNA sehingga bisa disusun struktur DNA yang tepat, dan proses terakhir merupakan gabungan dari beberapa tahap mulai dari penggabungan, anotasi, dan analisa bioinformatika dari sekuens EST. Dalam penelitian,  aplikasi PCR menggunakan primer berbeda yang disebut primer SMART untuk mendapatkan keakuratan dalam pembacaan DNA.

Ketika penelitian ini masuk kedalam database NCBI, ternyata kurangnya informasi mengenai EST dari kerang agamaki. Dari 5.296 EST yang diidentifikasi, 4.466 EST atau sekitar 84,3% tidak ditemukan pada gen yang dilaporkan database NCBI. Hal ini menunjukan bahwa data dari penelitian ini bisa menjadi sumber yang berguna untuk masa depan penelitian genomik kekerangan laut.

Gambar 2. Hasil menyatakan 84% database tidak menemukan gen yang dilaporkan dan 79% data tidak sama 

Pada penelitian-penelitian sebelumnya kekerangan tidak dilakukan uji tantang dengan bakteri dan virus tertentu, sehingga hanya 5,8% gen terlibat dalam pertahanan tubuh kerang. Kemudian dengan perbaikan, kerang banyak dilakukan uji tantang dengan  bakteri atau virus, sehingga banyak gen pertahanan yang dapat ditemukan. Sehingga dapat membantu kita mempelajari mekanisme penyakit kerang dan mengembangkan daya tahan tubuh spesies agimaki.

Berdasarkan bio-analisis informatika diidentifikasi 43 cluster yang memiliki berbagai kesamaan yang signifikan dengan gen yang diketahui terlibat dalam pertahanan kekebalan tubuh. Dari 43 cluster tersebut diklasifikasikan menjadi 5 kelompok sebagai berikut; proteases and protease inhibitor, adhesive protein, stress proteins, lysosomal enzymes, and signal transduction regulator. Proteases and inhibitor protease berpartisipasi dalam proses penomoran atau pengkodeaan ekstraseluler selain berperan dalam proses pencernaan.

Lima EST cluster untuk pengkodean perekat protein yang dapat terlibat dalam mengganggu inang patogen. Lektin diyakini mengenali patogen terkait dengan pola molekul dan memberikan sinyal yang tepat ke system sel-sel kekebalan tubuh. Ada dua kategori lektin yaitu calcium dependent animal lectins dan metal independent galectins. Sejauh ini lektin tipe calcium dependent animal lectins merupakan pemain utama dalam pengenalan karbohidrat dalam sistem kekebalan tubuh.

Secara keseluruhan dapat disimpulkan bahwa analisis diatas menunjukan bahwa kerang telah berevolusi, sehingga memiliki mekanisme kekebalan pertahanan yang rumit untuk melindungi dari tantangan lingkungan. Selanjutnya penelitian secara mendalam dari gen pertahanan tubuh dapat membantu mengembangkan penyakit resisten dalam perkembangbiakan kerang.

Semoga ringkasan ini bisa sedikit membuka wawasan kita bahwa masih banyak lagi ilmu yang harus kita gali, khususnya di dunia perikanan. Bagi-bagi teman-teman yang ingin mendapatkan jurnal aslinya dapat di download disini atau disini juga bisa.

Semoga bermanfaat ya, sukses untuk Perikanan Indonesia.

Lagi - lagi Bioinformatika

Bioinformatika kembali lagi saya ulas, ini merupakan ulasan bioinformatika yang ke-3 setelah sebelumnya saya menulis mengenai Artikel NCBI dan Memperdalam Bioinformatika. Serasa tidak ada habisnya ketika kita harus membahas ilmu pengetahuan yang semakin hari semakin berkembang, seperti halnya dengan Perikanan Budidaya.

Metode yang diterapkan dalam Perikanan Budidaya semakin modern "intensif" maka masalah yang akan menghampiri akan semakin kompleks. Seperti halnya saat ini, munculnya tambak-tambak modern yang menerapkan sistem budidaya intensif bahkan hingga super intensif membuat keseimbangaan lingkungan disekitar tambak semakin menurun. Karena perkembangan sektor budidaya yang dilakukan tidak dibarengi dengan manajemen tata lingkungan sekitar area budidaya. Hal tersebut yang nantinya akan menimbulkan masalah baru dalam perikanan, seperti munculnya penyakit-penyakit yang baru akibat bakteri atau virus yang mengalami mutasi gen akibat kondisi lingkungan yang berubah drastis.

Bakteri dan virus yang persifat patogenik yang muncul akibat perubahan lingkungan akan menjadi ancaman, karena belum ditemukan serum atau cara untuk mengatasi bakteri dan virus tersebut. Sehingga perlu dilakukan penelitian baru untuk mengetahui cara penanganan penyakit yang baru itu. Penelitian tersebut akan membutuhkan biaya yang besar karena untuk mengetahui morfologi virus harus menggunakan mikroskop elektron yang harganya sangat mahal. Selain itu, untuk mengidentifikasinya harus melakukan isolasi untuk mengkultur virus itu sendiri. Isolasi dan mengkulur virus bukanlah tindakan yang mudah karena tidak semua virus dapat dikultur.

Gambar 1. Gambaran mengenai bagian-bagian Bioinformatika

 

Perkembangan ilmu pengetahuaan saat ini melahirkan Bioinformatika sebagai solusi masalah tersebut. Dengan kemajuan teknik isolasi DNA/RNA tidak perlu mengisolasi virus, kerena cukup dengan sekuensing gen saja. kita dapat mengetahui jenis virus tersebut. Hal tersebut merupakan kemajuan Bioinformatika yang nyata dalam bidang virologi.

Lebih jelasnya bagi teman-teman yang merasa penasaran bagaimana Bioinformatika bisa berperan penting dalam bidang virologi yang nantinya bisa diterapkan dalam dunia Perikanan Budidaya dapat mendowload bahan bacaan disini. Selain membahas aplikasi bioinformatika dalam dunia virologi, bahan bacaan tersebut akan membahas antara lain; khusus dalam klasifikasi virus, penentuan tingkat mutasi, prediksi rekombinasi, serta prediksi bagian antigen (antigenic sites) yang ada pada permukaan virus.

Semoga tulisan ini bermanfaat bagi teman-teman sekalian.

Mari majukan Perikanan Indonesia, siapa lagi jika bukan kita?